Same Mikołajki oraz wiele pobliskich miejscowości to doskonała baza wypadowa na kajaki. Kajakarstwo tutaj, z racji tego jakie możliwości dają mazurskie jeziora jest bardzo popularnym sportem i nie lada atrakcją turystyczną.

Z Mikołajek możemy kajakiem popłynąć przykładowo do wsi Ryn, która oddalona jest od Mikołajek o 17 km na północ. Ten akurat szlak kajakowy prowadzi z mikołajskiej Przystani Żeglugi Mazurskiej przez takie jeziora jak Tałty oraz Ryńskie. Długość szlaku to około 20 kilometrów.

Kolejnym szlakiem kajakowym, który również zaczyna się na Przystani Żeglugi Mazurskiej jest szlak prowadzący do miasta Pisz, jakie znajduje się około 39 kilometrów na południowy wschód od Mikołajek. Wiedzie on drogą przez miejscowość Ruciane-Nidę. Szlak ma długość 25 kilometrów i będziemy przepływać nim przez takie jeziora jak Mikołajskie, Śniardwy oraz Roś.

Nieco krótszym, ale równie urokliwym szlakiem jest szlak prowadzący do miejscowości Ruciane-Nida, która mieście się około 22 kilometry na południe od Mikołajek. Szlak ma długość 19 kilometrów i będziemy przepływać na szlaku przez takie jeziora jak Mikołajskie, Bełdany oraz Guzianka Mała.

Chyba najbardziej ciekawą i popularną propozycją jest słynny spływ kajakowy rzeką Kurtynią. Początek spływu ma miejsce niedaleko Mikołajek. Ten szlak kajakowy nie bez powozu został uznany już jakiś czas temu za jeden z absolutnie najciekawszych i najpiękniejszych nizinnych szlaków kajakowych w skali całej Europy! Szlak ten jest tak popularny i zachwycający, że sam Melchior Wańkowicz opisywał go w swojej powieści reportażowej opublikowanej w roku 1936 pod tytułem "Na tropach smętka". Najczęściej wybieranym wariantem szlaku jest start we wsi Sorkwity, która usytuowana jest 34 kilometry na zachód od Mikołajek. Szlak kończy na przepięknym rynnowym Jeziorze Bełdany. Jezioro to jest otoczone w głównej mierze przez lasy świerkowo-sosnowe wchodzące w skład Puszczy Piskiej.

W tego typu opcji szlaku ma on długość aż 91 kilometrów i prowadzi między innymi przez takie jeziora jak Lampasz, Kujno, Dłużec, Białe, Gant, Zyzdrój Wielki, Zyzdrój Mały, Spychowskie, Uplik, Mokre, Krutyńskie. Dalej zaś wiedzie przez wsie Krutyń, Rosocha, Wojnowo, Ukta, następnie przez jeziora Gardyśkie oraz Jerzewko. Nurt rzeki jest zazwyczaj bardzo wolny. Rzeka tworzy po drodze bardzo liczne zakola. Niezwykłą gratką dla kajakarzy jest niedługi fragment szlaku wiodący rzeczką Sobiepanką w niedalekiej odległości od wsi Sorkwity. Tam kajakarze zmuszeni są niejednokrotnie do wiosłowania pod prąd, gdyż rzeczka lubi zmieniać swój nurt.

Jednym z najbardziej malowniczych fragmentów szlaku jest ten prowadzący od Jeziora Krutyńskiego do wsi Ukta. W okresie wakacyjnym dość często jest bardzo zatłoczony. Oprócz samych kajakarzy przepływają tam we flisackich łodziach turyści będący uczestnikami wielu wycieczek zagranicznych.

Jeśli mamy ochotę wybrać się na taki spływ to najlepiej pytać się o szczegóły we wsi Krutyń. Jednak kajaki wypożyczyć możemy w wielu funkcjonujących wypożyczalniach w Mikołajkach. Są to wypożyczalnie między innymi na ulicy Kajki 82, Okrężnej 5, Leśnej 2, Spacerowej 1, Krutyń 19, Krutyń 72, Stary Gieląd 40.