Kościół pw. Świętej Trójcy jest kościołem ewangelicko-augsburskim. Został on zbudowany w latach 1841-1842 według projektu bardzo słynnego architekta Karola Fryderyka Schinkla. Zaraz przy kościele mieści się Muzeum Reformacji Polskiej. Historia kościoła w Mikołajkach, choć ten konkretny powstał w pierwszej połowie XIX wieku sięga kilka wieków wcześniej. Najstarsza wzmianka o Mikołajkach będących wsią kościelną pochodzi dokładnie z roku 1444. Sama też nazwa miejscowości związana jest z patronem kaplicy pod wezwaniem Św. Mikołaja, która została wybudowana na obszarze ówczesnej osady. Po raz pierwszy o pastorze ewangelickim, który pojawił się w Mikołajkach można usłyszeć w pierwszej połowie XVI wieku.

Ważną postacią w dziejach kościoła ewangelickiego w Mikołajkach jest pastor Andrzej Kowalewski, który to funkcję pastora pełnił na przełomie XVII/XVIII wieku. Był on zleceniodawcą wykonania dwóch dzwonów oraz pomalowania dawnego kościoła. W obecnym kościele znajduje się jego portret. Gdy na początku XVIII wieku wybuchła epidemia dżumy kościół w Mikołajkach zamknięto, zaś pastor przeniósł się do Tałty (później do Faszczy). Dopiero po zakończeniu epidemii pastor Kowalewski powrócił do Mikołajek. Po śmierci pastora Kowalewskiego jego syn Celestyn zlecił w roku 1725 zawieszenie w kościele portretu ojca i polsko-niemieckiej tablicy nagrobnej. Dzięki niemu kościelny ołtarz zyskał nowy wystrój, zaś kościół zyskał zegar wieżowy, który wykonany został przez Albrechta Somasko z Woźnic.

W roku 1749 doszło do pożaru, w trakcie którego spłonęła cała plebania ewangelicka. Odbudowana została ona w roku 1755. Z kolei w roku 1821 spłonęła połowa wieży kościelnej. Początkiem lat 30. XVIII wieku ówczesny pastor, którym był Skupch postanowił, że należy całkowicie przebudować kościół, bo w każdej chwili groził on zawaleniem. W związku z tą sytuacją od roku 1834 ściągana była potrójna dziesięcina kościelna. W ten sposób zebrano potrzebne pieniądze na odbudowę. W roku 1839 dokonano rozbiórki starego kościoła. Nabożeństwa w czasie trwania prac budowlanych przeniesione zostały do stodoły. Zwłoki znajdujące się na terenie rozebranego kościoła zostały ekshumowane.

Budowa kościoła pw. Świętej Trójcy według projektu wspomnianego architekta Schinkla rozpoczęta została w 1841 roku, a kierownikiem budowy został Ferner. Na cieślę wybrano Kalcherta z Ełku, mistrzem murarskim został Reich z Węgorzewa. Mistrzem szklarskim ogłoszono Casimira, natomiast mistrzem stolarskim Glaubnitza.

Wewnątrz obecnego kościoła w stylu klasycystycznym znajduje się sklepienie kolebkowe z kasetonami, drewniane empory oraz organy, których autorem jest organmistrz Scherweit z Ełku, znajdujące się nad wejściem do świątyni. Po każdej ze stron prezbiterium możemy podziwiać dwa bardzo ważne portrety miejscowych pastorów. Na ścianach kościoła znajdują się obrazy i tablice pamiątkowe pochodzące z XVII i XIX wieku. W skarbcu kościoła jest przechowywany piękny zabytkowy kielich mszalny pochodzący z roku 1772.

Choć kościół został ukończony i poświęcony w roku 1842, to budowa wieży zegarowej dobiegła końca dopiero w 1880 roku. Była ona podświetlana nocą już przed drugą wojną światową. Z dokumentów wynika, że w 1864 roku na 2276 mieszkańców miejscowości aż 2204 było ewangelikami. Kolejną ciekawostką jest to, że w roku 1914 w wyniku eksplozji, gdy rosyjskie wojska wysadziły w powietrze dwa mosty w Mikołajkach w kościele wypadły wszystkie szyby.